Rotunda je poslední existující památkou přemyslovského knížecího hradu ve Znojmě. Po sjednocení českého státu založil snad již před rokem 1037 hrad český kníže Břetislav I. Areál hradu Znojmo se stal po zřízení moravských údělů sídlem knížete, současně též správním a církevním střediskem. Podrobný archeologický průzkum v letech 1987-89 potvrdil, že knížecí rotunda zasvěcená původně Panně Marii s pozdější funkcí velkofarního kostela byla postavena kolem poloviny 11. století.